Sejak tahun 2015, Sultan Qaboos telah mengalami penyakit kanser usus dan masih menerima rawatan sejak itu.[2][3] Pada 14 Disember 2019, baginda dilaporkan telah dalam tahap terakhir kanser dengan masa yang singkat untuk menjalani kehidupan selepas menjalani rawatan perubatan di UZ Leuven dan pulang ke tanah air kerana baginda mahu mangkat di negaranya sendiri.[4] Pada 31 Disember 2019, Mahkamah Diraja mengumumkan bahawa Qaboos berada dalam keadaan stabil;[5] walaubagaimanapun, baginda mangkat pada 10 Januari 2020 pada usia 79. Pada hari berikutnya, kerajaan mengisytiharkan tiga hari cuti negara untuk berkabung dan mengibar bendera negara pada setengah ketinggian untuk tempoh 40 hari.[6][7]